Pada tahun 2065, bumi akan dipenuhi dan diatur oleh alien. Manusia yang tersisa tinggal di “kota penghalang” di seluruh dunia dan berusaha membebaskan planet bumi dari Phantom, sebuah ras alien yang terkuat. Satu- satunya harapan bagi mereka datang dari ilmuwan Aki Ross dan mentornya, Dr Sid, yang memiliki rencana untuk menghancurkan Phantom tanpa merusak planet bumi, tapi seorang jendral bernama Hein bertekad untuk menggunakan meriam ruang Zeus untuk menghancurkan Phantom, jika sampai terjadi maka itu merupakan proses penghancuran Bumi.
